À la fin des années 1990, la professionnalisation des forces armées et l’annonce de la délocalisation de l’EIS à Brest (1997) ont conduit à la dissolution du Bataillon de Joinville et à son remplacement par un nouveau dispositif permettant de donner un nouvel élan à la collaboration historique entre le ministère de la Défense et le ministère chargé des sports, dans le domaine du sport de haut niveau.