La professionnalisation des armées a entraîné une modification de l’organisation du sport militaire. En 2002, le mythique Bataillon de Joinville, qui a accueilli plus de 21 000 athlètes en 45 ans disparaît. Cette disparition a rendu nécessaire la mise en place d’un dispositif spécifique envers les sportifs de haut niveau de la défense (SHND).

Le 8 avril 2003, le ministre de la Défense et le ministre des sports ont signé un accord-cadre pour le développement du sport de haut niveau et du sport de masse au sein des armées. Cet accord-cadre définit la création de 80 postes de SHND militaires répartis dans les 6 équipes de France militaires dites "structurées" et de 10 postes de SHND agents civils sous contrat. Ces athlètes sont inscrits sur la liste de haut niveau du Ministère de la Santé, de la Jeunesse, des Sports et de la Vie Associative. (MSJSVA)

Par ailleurs, les sportifs militaires possédant un haut niveau dans certains sports peuvent, avec l’appui de leurs unités, mener de front leurs carrières sportive et militaire. Ce sont les SHND dit « hors structures ».

Ce dispositif global consacre un partenariat historique fort entre les deux ministères. Il témoigne de l’attachement des forces armées à la promotion active du sport de haut niveau et fait l’objet d’un travail étroitement mené avec les fédérations sportives nationales, qui se matérialise par de nombreux échanges dont font partie les réunions annuelles (commissions nationales militaires - CNM et commissions annuelles d’évaluation du partenariat - CAEP).